Fernverkehrszüge zwischen Hamburg und Berlin werden bis zum Ende der Bauphase über Stendal und Uelzen umgeleitet. Die Halte in Ludwigslust, Wittenberge und Büchen entfallen. Reisende sollten 45 Minuten mehr Fahrzeit einplanen. Da auf der Umleitungsstrecke über die Altmark nur ein Gleis zur Verfügung steht, wird der 30-Minuten-Takt auf eine Abfahrt pro Stunde angepasst. Für Reisende von/nach Ludwigslust und Wittenberge verkehren zwischen Hamburg und Ludwigslust beziehungsweise Wittenberge direkte Ersatzbusse (IC-Busse). Damit setzt die DB auf ein Konzept, das sich bereits in der Vergangenheit bei Arbeiten auf der Strecke Hamburg–Berlin bewährt hat.

Ab 17. August bis 29. September kommt es zu Einschränkungen im ICE-Verkehr auf der Strecke Hamburg–Schwerin. Die ICE-Züge fallen zwischen Hamburg und Schwerin aus. Die DB setzt auf dieser Strecke eine direkte Verbindung mit Ersatzbussen ein. Ergänzt wird das Ersatzangebot durch einen durchgängigen IC pro Tag (via Lübeck/Bad Kleinen; IC 2268/ IC 2263). Fahrgäste können somit ohne umzusteigen von Hamburg über Lübeck, Rostock bis nach Binz und zurück reisen.

Nahverkehrszüge zwischen Wittenberge und Berlin fahren während der Arbeiten weitestgehend ohne Einschränkungen. Auf der Regional-Express-Linie RE8 (Wismar–Wittenberge–Flughafen BER) der ODEG sind vom 16. August bis 6. Oktober zwischen Karstädt und Wittenberge sowie vom 7. Oktober bis 14. Dezember zwischen Ludwigslust und Wittenberge ersatzweise Busse im Einsatz. Auf der Regionalbahn-Linie RB14 (Hagenow Stadt–Ludwigslust–Parchim) der ODEG verkehren vom 17. August bis 6. Oktober sowie vom 1. November bis 7. November Ersatzbusse zwischen Hagenow Stadt und Ludwigslust. Im Zeitraum vom 27. November bis 12. Dezember verkehren Ersatzbusse zwischen Ludwigslust und Neustadt-Glewe. Die Regionalbahn-Linie RB17 (Wismar–Ludwigslust) verkehrt bis 6. Oktober verlängert ab/bis Karstädt.

Im Regionalverkehr müssen sich Fahrgäste der Regional-Express-Linie RE1 (Hamburg–Schwerin–Rostock) von DB Regio auf längere Fahrzeiten einstellen. Betroffen sind die Abschnitte zwischen Hamburg Hbf und Hagenow Land sowie zwischen Büchen und Hagenow Land. Zwischen Hamburg (U Wandsbek Markt/S Bergedorf) und Büchen/Hagenow Land verkehren vom 16. August bis 1. September ersatzweise Busse. Vom 2. bis 29. September sind Ersatzbusse zwischen Bergedorf/Büchen (nachts bereits ab Hamburg) und Hagenow Land im Einsatz.

Die Mitnahme von Fahrrädern ist in den Ersatzbussen aus Platzgründen nur eingeschränkt möglich. Kinderwagen und Rollstühle haben Vorrang gegenüber der Beförderung von Fahrrädern. Die Fahrzeiten verlängern sich zum Teil deutlich. Reisende sollten zum Beispiel zwischen Büchen und Schwerin mit jeweils rund einer Stunde mehr Fahrzeit rechnen.

In Hamburg sollten Reisende die S-Bahn nutzen. Ab 30. September verkehrt die Regionalexpress-Linie RE1 wieder weitgehend ohne Einschränkungen.

Die nördliche Umfahrung der Baustelle ist mit den Linien RE4 (Bad Kleinen–Lübeck) und RE8 (Lübeck–Hamburg) möglich. Einige Züge der RE4 verkehren zudem mit einem größeren Sitzplatzangebot. Das Platzangebot der RE4 bleibt dennoch begrenzt. Reisende sollten gerade für Fernreisen möglichst auch eine weiträumige Umfahrung beispielsweise über Berlin und Hannover bei der Reiseplanung in Betracht ziehen. Zusätzlich fahren zwischen Hamburg (U Wandsbek Markt) und Schwerin Schnellbusse ohne Zwischenhalt im Zwei-Stunden-Takt.